По словам Роберта Купера, сериал Звездные врата: Вселенная сохраняет дух «Звездных врат», но открывает полностью новую «вселенную». Это — полностью отдельная, независимая реальность, в отличие от сериала «Звёздные врата: Атлантида», который создавался как спин-офф оригинального сериала. Продюсер Джозеф Маллоззи заверил, что «Вселенная», не только восхитит старых фанатов, но также привлечет новых, и им не обязательно будет уметь различать Альтеран и Асуран. Крепко стоящий на мифологии Звездных врат сериал «Звездные врата: Вселенная» определенно порождает новое и захватывающее направление.

События третьей эпопеи, как и в предыдущих двух сериалах о Вселенной Звездных врат, по-прежнему происходят в наше время. Однако в этот раз действие было перенесено на космическое судно, когда-то являвшееся частью эксперимента Древних по распространению во Вселенной сети звездных врат. Размещение врат во всём множестве галактик (с помощью другого корабля) было начальным этапом этого эксперимента. Вторым этапом, по планам Древних, должно было стать исследование кораблём «Судьба», на который попали герои сериала, тех миров, на которых в ходе предыдущего этапа были размещены Врата. Но, во втором сезоне сериала выясняется, что главная миссия - изучить реликтовое излучение, которое как оказалось носит искусственный характер и скрывает тайну создания вселенной. Однако, начав эксперимент миллионы лет назад, Древние так и не довели его до конца из-за своего вознесения.

Сериал начинается с того, что таинственный девятый шеврон переносит команду исследователей с внеземной станции Икар на беспилотное судно Древних с названием «Судьба» (англ. Destiny), где выясняется, что возврата на Землю нет. В ходе сериала команде предстоит приспособиться к жизни на борту судна, несущего их в далекие уголки Вселенной по проложенному Древними курсу